Pour sortir de la mécanique génétique actuelle, de la métaphore du "programme génétique" et du néo-darwinisme.

Le néo-darwinisme ne peut se passer de l'encombrante métaphore de "programme génétique" ou le gène de la découverte du gène.

 

Si les astrophysiciens ont poussé l'autoréférence jusqu'à inventer le principe anthropique, les généticiens n'ont pas encore été jusqu'à dire, et on se demande bien ce qui peut les retenir, que le " programme génétique est programmé pour engendrer un être humain capable de le découvrir ". Je vous propose de commencer notre réunion par une exposition systématique des dogmes actuels en biologie moléculaire et les paradoxes qu'ils engendrent. Nous pourrions ensuite examiner de plus près ce que la théorie de l'information générale propose.

L'un des principes fondamentaux de la biologie moléculaire et de la théorie synthétique (néo-darwinisme) a été énoncé par Adolphe Weismann au début du siècle. Dans Essais sur l'Hérédité, il écrit que l'essence de l'hérédité est la transmission d'une substance nucléaire d'une structure moléculaire spécifique. Dans les années soixante, après la mise en évidence de la double hélice d'ADN par Watson et Crick, les dogmes de la biologie moléculaire et de ce que nous devrions bien nommer mécanique génétique se mettent en place. Ils reposent sur les propositions néo-darwiniennes suivant lesquelles, par exemple, comme le disait François Jacob, le but de tout organisme est de "s'adapter étroitement à son milieu" ; ou encore, l'"organisme ne peut acquérir aucun caractère auquel il ne soit prédisposé par l'hérédité".

Il est encore dit que "tout le mécanisme de l'hérédité, de la variation, de l'évolution se fonde, non pas sur la persistance de l'acquis à travers les générations, mais sur les vertus d'une structure moléculaire".

D'où le dogme central de la biologie moléculaire que Jacques Monod, par exemple, énonçait ainsi en parlant de ce qu'on appelle aujourd'hui le "génome": "Le système tout entier (...) est totalement, intensément conservateur, fermé sur soi-même et absolument incapable de recevoir quelque enseignement que ce soit du monde extérieur." C'est ce qu'on appelait, et appelle toujours, "le flux unidirectionnel de l'information génétique". Le corollaire principal de ce dogme est ce qu'on appelle le principe de colinéarité entre ADN et protéines que F. Crick a énoncé ainsi : "Dans les systèmes biologiques, l'information génétique s'écoule toujours des gènes vers les acides ribonucléiques messagers, et ces ARN vers les protéines." On disait à cette époque : un gène => une protéine.

Ce dogme, qui se présente comme un paradoxe - les espèces changent, mais leur matériel héréditaire se duplique -, rend impossible toute intelligibilité du vivant en posant a priori une séparation entre le "génome" et le "phénome".

Du "système clos et conservateur" des années soixante - une boite noire sans entrée ni sortie, comme le cerveau selon Varela, d'ailleurs -, nous sommes passés à "une tendance naturelle au changement" pour qualifier le "génome". Cependant, il nous faut maintenant proposer une théorie qui rende justement cette "tendance naturelle au changement" intelligible et non paradoxale.

Je pense que la progressive remise en cause des dogmes par les recherches récentes rend nécessaire non pas la création d'une nouvelle théorie générale du vivant mais une théorie permettant l'intelligibilité du passage entre les concepts de "vivant" et de "non-vivant".

Les travaux de Barbara McClintock ont déjà montré depuis longtemps, mais elle n'a eu pour ces recherches qu'une très tardive reconnaissance, que le "génome" n'était ni stable ni inaltérable. Depuis lors, il ne reste à peu près rien du dogme énoncé dans les années soixante: "colinéarité" un gène => une protéine et "flux unidirectionnel de l'information génétique". On envisage maintenant une multiplicité de codes. Mais s'il existe plusieurs codes, la notion de code devient elle-même inutile. On admet la plasticité du "génome" mais on continue cependant à répéter ce qui est à l'origine de la notion rigide et paradoxale de code, comme dans l'expression si souvent citée: "reproduction invariante du matériel héréditaire" où tout changement de ce dernier est encore conçu comme une erreur ou un accident de réplication ou de duplication.

En effet, c'est le cas des notions de transcriptases inverses (Temin, Baltimore), de rétrovirus, de "morcellement des gènes" (introns, exons), d'épissage, de ribozymes (ARN "autoremaniables"), de "séquence génomique" (au lieu de gène), la remise en cause du dogme de colinéarité une gène => une protéine par : une séquence génomique => plusieurs protéines; la découverte des gènes mitochondriaux par Slonimski, puis des introns codant, du polymorphisme des protéines, des transposons et de la création continuelle de ceux-ci .

La logique implacable, mécanique et linéaire de la génétique où duplication, loi et code constituaient l'algèbre de l'invariance, a cédé la place à une sorte d'astuce de bricoleur où l'on se demande ce que viennent encore faire les notions précédentes de code, de reproduction, de duplication, d'invariance, etc. On ne parle plus que de morcellement des gènes, de recombinaison des gènes, de brouillage de message, de "bricolage incessant" et même d'évolution des gènes. Mais certains prétendent néanmoins cartographier un génome humain stable qui nous aurait quand même programmé.

Au début, la génétique s'est donnée comme programme de connaître les mécanismes de transmission des caractères héréditaires.

Le néo-darwinisme a posé avec Weismann le dogme de l'existence d'un matériel héréditaire de transmission que Watson et Crick crurent trouver dans l'ADN. Aujourd'hui, nous en sommes au génie génétique, qui consiste essentiellement à bricoler certaines fractions d'ADN (les gènes), d'ARN voir de protéines au sein des cellules.

Ainsi, sans s'en rendre compte, alors que la théorie de l'évolution nommée néo-darwinisme, sur laquelle cette technique s'est appuyée, affirmait qu'il n'y a pas d'hérédité des caractères acquis et que toute évolution s'effectue au hasard, par mutation fortuite d'abord ou accident dans la duplication d'un supposé matériel héréditaire, puis par sélection naturelle (ce qui fait déjà deux lois contradictoires), nous sommes insidieusement passés à des techniques qui consistent à violer la soi-disant loi de l'évolution postulée.

En effet, par le génie génétique, il s'agit bien de rendre héréditaire, chez des individus, des caractères acquis et sélectionnés par d'autres ; c'est-à-dire de modifier l'hérédité d'une façon non darwinienne, non hasardeuse. La théorie ne prévoit pas cela.

La théorie synthétique révèle donc ainsi ce qu'elle est: une technique de transformation de l'homme et nullement comme elle le prétendait au départ et comme elle le prétend encore, une explication du vivant. J'ajoute bien entendu, pour ceux qui tomberaient sur ce texte par hasard, qu'il ne peut s'agir d'autre chose, puisqu'une théorie, dans ma perspective s'est définitivement émancipée du concept d'explication. La théorie de l'évolution que les généticiens défendent ne peut donc pas s'appliquer à eux-mêmes bricoleurs de gènes, puisque leur activité la contredit.

Cela, bien entendu, n'est pas le propre de la théorie synthétique, mais celui de toute théorie qui se prétend un explication de quoi que ce soit.

Le projet génome est également une belle illustration de cela aussi. On part de l'idée que l'homme est déterminé par ses gènes, et on finit par bricoler les soi-disant gènes, c'est-à-dire par déterminer les "gènes" et à les sélectionner. Ce qui montre curieusement l'inverse que ce que l'on veut prouver, savoir que nous ne sommes déterminés par rien du tout. A moins de dire, évidemment, qu'il y a un gène de la manipulation des gènes... Mais cela, ce n'est pas le "gène" qui peut le dire, mais le "phène".

Il est donc absurde de dire que nous allons modifier, par la biologie moléculaire le programme de l'espèce. Si un tel programme existait, on ne voit pas comment nous serions parvenus à inventer l'idée même de programme. Nous serions programmés et c'est tout. Et même si nous disons que nous sommes aussi programmés pour cela, cela signifie que nous ne changeons rien du tout mais que nous ne faisons qu'accomplir le programme. Je pense que nous avons bien vu ce type de paradoxe lorsque nous avons abordé le principe anthropique de Brandon Carter. L'évolution accélérée de l'humanité, relativement aux autres espèces, montre que le soi-disant programme ne fait que se modifier.

D'où le côté proprement paradoxal de ceux qui pensent qu'il existerait des algorithmes qui permettraient de saisir la soif de connaître de l'homme ; n'incluant pas, bien sûr, l'éventuel algorithme de leur propre interrogation. D'où encore mon impératif catégorique et éthique: un théorie qui ne s'applique pas à celui qui l'énonce doit être rejetée car elle retombe immédiatement dans ce que j'ai appelé le paradoxe du miroir.

Cependant, s'il n'y a ni code ni programme qu'est-ce qui détermine la suite des opérations dans, par exemple, la gamétogénèse et l'épigenèse?

Tant que l'on ne conçoit pas la différence logique qu'il y a entre une forme/mouvement (f/m) relativement simple et une forme/mouvement (f/m) analogue contenue dans (et générant) une forme/mouvement plus complexe, c'est-à-dire plus informée selon notre terminologie, on n'a pas encore saisi l'usage des axiomes de l'information générale. Car, dans cette perspective, il n'y a rien ni personne qui détermine la succession des opérations. Il n'y a que la succession des opérations et rien de plus. Et ce que je demande de saisir c'est la construction intelligible de cette succession. Ainsi, l'oeuf fécondé, c'est-à-dire une cellule diploïde eucaryote, se développe parce qu'elle est le niveau le moins informé (gI( d'un processus très informé " (gI( " - la phylogenèse de l'espèce à laquelle cet oeuf appartient; tandis qu'une cellule eucaryote équivalente sur le plan de la structure organique est le niveau complexe d'un processus plus simple - la phylogenèse qui a conduit de la création des acides aminés et des nucléotides à la cellule primitive. La cellule primitive est l'aboutissement du processus, ce que nous appelons improprement le phénotype, mais la gamète elle - bien qu'elle soit analogue à la cellule - exprime un niveau relativement simple du processus dont l'aboutissement est l'organisme adulte. La cellule eucaryote, disons autonome, est donc l'adulte de son niveau organique, elle ne peut aller plus loin dans l'information organique. Mais un oeuf, bien qu'analogue à une cellule eucaryote, peut se développer, c'est-à-dire poursuivre son information, parce qu'il est issu d'un organisme plus complexe. L'oeuf est donc plus informé " (gI( ", malgré son analogie "structurelle" avec elle, qu'une cellule primitive ou autonome. Il suffit de comprendre cela pour saisir l'inutilité du concept de code ou de programme. Et, à bien y penser, les six axiomes de l'axiomatique suffisent.

Posons-nous la question: à quel moment dans le développement de l'individu, c'est-à-dire depuis l'oeuf fécondé, la gamétogénèse commence-t-elle? Ne pourrait-on pas apercevoir la construction même du soi-disant code à ce moment prouvant par la même et expérimentalement que cette notion est une impasse et qui nous permettrait immédiatement de sortir du paradoxe du code qui se fait lui-même?

Les logiciens de la cybernétique et de la mécanique génétique sont actuellement prisonniers d'une prison qu'ils ont eux-mêmes construite. Celle dernière se présente sous la forme d'une question: d'où vient le premier programme? Ce qui revient à résoudre le paradoxe suivant : comment un programme a-t-il pu se construire à partir d'un non-programme puisque, par définition, un programme ne peut être engendré que par un autre programme qui l'a programmé ce dernier ayant été lui-même engendré par un autre qui... et ainsi de suite.

On pourrait peut-être commencer par chercher les différences entre une cellule quelconque d'un organisme adulte et son homologue structural que constitue un organisme monocellulaire eucaryote. Par exemple quelles sont les différences entre les mitochondries d'un monocellulaire et les mitochondries d'une cellule d'un organisme complexe ; entre les chromosomes de l'un et ceux de l'autre, et ainsi de suite. Si on ne trouve pas de différence (ce qui est fort probable sur le plan statique) c'est que cette observation ne peut rendre compte de l'évidence. Car les différences se situent non pas dans l'apparence visuelle mais dans le champ - tel que défini dans votre axiomatique - dans lequel il se trouve c'est-à-dire dans les modalités d'interactions (et donc d'information) que l'on peut mettre en évidence.

On parle encore de gène codant des protéines, de bégaiement du génome ou d'erreur de duplication alors que, de toute évidence, aucune de ces notions n'a désormais de sens.

On semble ainsi passer d'un dogme à l'autre sans changer de théorie, le modèle mécanique utilisé aujourd'hui est celui de l'ordinateur - on parle même de puces génétiques pour l'ordinateur héréditaire - le génome -, alors qu'avant le modèle était le circuit cybernétique électrique - batterie de gènes, gènes de commande ou régulateur, commutateurs et, plus récemment, on a introduit des notions tirés directement des manuels destinés aux ingénieurs, telles que celles d'épissage, de bobinage de l'ADN autour des histones, de miniaturisation du génome par enroulement successifs pour renfermer une plus grande quantité d'"information génétique, de séquençage statistique, de programme de développement, de rabâchage génétique, de gènes de régulation ou oncogènes.

L'analogie mécanique classique semble aussi revenir avec les notions de réparation au cours de la réplication, de toilettage moléculaire ; et on parle d'excision, d'élimination, de bouclage, d'allongement, etc. Et je ne parle pas de l'usage tarte à la crème du terme de communication ; quand on parle, par exemple, de communication entre les organes.

Que pouvons-nous proposer pour mettre fin au dogme néo-darwinien qui a engendré ces paradoxes et la multiplication des hypothèses ad hoc?

La logique de l'information générale permet de sortir des paradoxes suivant : a) de l'existence d'un code qui s'est codé lui-même; b) qu'un être vivant ne peut venir que d'un être vivant "identique" - ce que j'appelle le paradoxe de Pasteur : un germe ne peut provenir que d'un germe identique); c) que les 9/10 du génome seraient "non-codé" (motifs réitératifs) ou, suivant les interprétations, que le code des organismes "supérieurs" seraient "dégénéré"; c) qu'il y aurait invariation dans la "reproduction du matériel héréditaire", mais variation des espèces. Ou, autrement dit, que le vivant - et le non vivant aussi - serait animé par deux principes absolument contradictoires - entropie et négentropie. J'ai déjà fait la critique de ce point de vue issu de la thermodynamique.

L'information générale permet de proposer une intelligibilité nouvelle et non paradoxale à la question principielle en biologie: comment saisir à la fois l'extrême diversité des espèces et la conservation héréditaire de cette diversité? 

Le premier dogme qu'il faut résolument abandonner est le suivant: l'évolution des espèces ne repose nullement sur une erreur stochastique dans la réplication de l'ADN ou dans la soi-disant lecture d'un soi-disant code. Ni le dogme central de la B.M. ("flux unidirectionnel de l'information": des gènes vers les protéines) ni le principe de colinéarité entre ADN et protéines n'ont désormais lieu d'être retenus.

Selon notre axiomatique, chaque phénomène apparemment réversible s'inscrit à l'intérieur d'un autre phénomène qui apparaît, relativement à lui, irréversible, mais qui apparaît lui-même réversible pour celui à l'intérieur duquel il s'inscrit, comme dans la formalisation proposée (cf. Axiomatique, Remarque 13: les flèches verticales indiquent l'irréversibilité relative par rapport aux flèches horizontales relativement réversibles). L'axiomatique ne retient ni la notion de flux d'information, ni celle de transfert d'information, puisque le concept d'information exprime le processus général proposé. Les flèches précédentes ne représentent aucun transfert, elles essaient de montrer le champ ( I ( , c'est-à-dire les niveaux d'information de celui-ci et le sens du processus au niveau intelligible considéré.

On peut se rendre compte dans la formalisation proposée qu'il devrait y avoir, dans la cellule, non seulement la transformation/information classique:

ADN => ARN => protéine

mais aussi:

protéine => ARN => ADN

Mais il ne s'agit nullement d'une réversibilité ou d'une inversion de sens du processus mais de l'expression même de l'information cellulaire (ici In ) selon la formalisation précédente encore une fois très schématique, bien sûr.

Certains ont proposé des réactions réversibles même dans l'épissage.

On se propose de mettre en évidence des différences notables entre les cellules procaryotiques d'abord et les cellules eucaryotiques - mono cellulaires - puis entre les divers niveaux de l'évolution des cellules des organismes pluricellulaires - phylogenèse et ontogenèse.

Le passage ARN => ADN a déjà été mis en évidence pour ce qu'il est convenu de nommer rétrovirus; ce qui a pas mal bouleversé le dogme central - flux unidirectionnel de l'information. On s'est aussi progressivement rendu compte que ceci n'était nullement un phénomène accidentel. Nous nous proposons désormais de mettre en évidence des "rétroprotéines" qui ne seraient pas du tout exceptionnelles mais qui constitueraient au contraire un des modes de l'information cellulaire. Cela, comme je le notais tout à l'heure, permet de rendre intelligible le fait qu'il existe des agents dits infectieux de nature uniquement protéiniques comme dans la maladie de Kreutzweld-Jacob.

Un autre problème que nous pouvons envisager de résoudre est celui de savoir qui est premier - c'est-à-dire le moins informé " (gI( " - des protéines ou de l'ADN - ou de l'ARN - dans l'information cellulaire. Cela permet de reposer d'une toute autre manière que métaphysique la question de la soi-disant origine de la vie. Il faut rappeler que pour l'information générale le concept de vie est un paradoxe - car il part du principe autoréférent, et par définition insoluble, d'origine ou de singularité logique - que la théorie remplace par information organique - issue de l'information minérale, et ainsi de suite. De la même façon que l'on ne considère pas une origine mythique ou métaphysique de l'homme mais une information anthropo/sociale issue de l'information organique, et ainsi de suite.

Donc, pour revenir à notre question de poser qui est premier dans la cellule, je pense que nous pouvons dire, dans un premier temps, que le soi-disant "matériel héréditaire" ou "génome" doit être considéré comme autant peptidique que nucléotidique. Nous n'avons encore jamais observé, mais cela demande à être soigneusement vérifié, dans la cellule d'ADN ou d'ARN sans peptides ou enzymes qui leur est associé. Il semble, au contraire, que l'on puisse mettre en évidence des peptides sans ARN, comme dans le cas de virus uniquement peptidiques. D'autre part, il ne faut pas oublier que l'"origine" des peptides et des nucléotides n'est pas elle-même peptidique et nucléotidique mais minéral, et ainsi de suite. Le champ organique est issu du champ minéral et contient donc des éléments sélectionnés/accélérés/etc. " (gI( " de celui-ci.

On pourrait aborder la question précédente - qui est premier de l'ARN (ou de l'ADN) et des protéines ? - comme le paradoxe de la poule et de l'oeuf et tenter de le résoudre de la même façon que je l'ai déjà proposé. Peptides et nucléotides seraient alors conçus comme appartenant au même processus ; et ainsi un nucléotide serait un vieux peptide (ADN et ARN semblent toujours "entourer" les peptides - elles gravitent " (gI( " (elles s'en nourriraient et seraient issues d'elles) autour d'elles. Il n'y aurait donc nulle duplication de l'ADN mais information - donc différenciation de celle-ci - à partir de peptides. La découverte récente de virus constitués uniquement de protéines corroborerait cette proposition ; si l'on isole des rétrovirus constitués de protéines cela signifie qu'il s'agit en fait de rétroprotéines. En ce sens, les peptides seraient autant héréditaires que les nucléotides, bien sûr. La notion d'hérédité devient d'ailleurs équivalent à information " (gI( " et change donc de signification ; elle n'est plus équivalente à réplication mais au groupe intelligible " (gI( " de l'axiomatique.

Nous nous proposons donc un programme général de refonte conceptuelle et de réinterprétation de tous ces phénomènes à la lumière de la nouvelle théorie. Il y a beaucoup d'autres questions que nous devons reprendre à la lumière de cette théorie. Par exemple : quel est le niveau le plus informé de la cellule, c'est-à-dire quel est l'équivalent logique de son cerveau?

Certains biologistes considèrent, conformément au dogme actuel, que c'est le génome qui constituerait "le super-ordinateur" de la cellule. Mais il s'agit, là encore, d'une confusion logique toute mécanique. Le niveau conceptuel de la cellule ne peut pas davantage être le niveau de sa "reproduction" que les gamètes de l'organisme constitueraient son cerveau.

A moins d'envisager que l'origine du cerveau se trouve dans l'organe dit reproducteur, ce qui n'est pas une hypothèse à écarter.

En effet. Et cela pourrait même s'avérer une très bonne idée. Mais reprenons notre point. La notion de champ informationnel ( I ( est capitale pour bien saisir la différence intelligible entre un niveau In original - par exemple la première cellule eucaryotique animale ou végétale - et un niveau di analogue d'un niveau In+1 - par exemple une cellule germinale d'un organisme métazoaire. C'est l'intelligibilité mécanique de cette différence qui oblige à engendrer des paradoxes du type "premier programme", "code", "auto-organisation", "paradoxe de Pasteur", etc.

Il faudrait repenser les éléments de la cellule d'une part en termes d'information " (gI( " et d'autre part en terme de gradation et dégradation ; car la cellule s'informe elle-même - cette expression doit être employée cum grano salis car elle est en fait équivalente à l'auto-quelque chose que nous critiquons comme auto-référente.

Il faut bien se rappeler qu'en " (gI( " l'expression soi-même n'a aucun sens - à partir d'éléments qui lui sont extérieurs, qu'elle sélectionne (gradation) et continue de s'informer en rejetant les produits de cette information (dégradation). Voici donc mes propositions:

1) poser l'équivalence entre transposons, rétrovirus et virus. Une transposon devient non plus un simple transfert génomique mais l'expression de l'information " (gI( " même du génome (mais pour cela il faut abandonner l'idée de réplication). Les transposons ne seraient pas de simples "gènes mobiles" mais l'expression de la création de nouveaux types de séquences (ontogenèse, apprentissage, phylogenèse). La théorie, comme je l'ai rappelé précédemment, permet aussi d'envisager des transposons protéiques et enzymatiques. Il faut ouvrir la logique génétique pour ouvrir les "observations" et les expérimentations.

Dans cette perspective, des virus spécifiques seraient donc spontanément développés par l'organisme ; ex : SV 40, etc. ; ceux-ci ne seraient donc nullement des "hôtes" de celui-là. Il s'agit de montrer la différence logique entre un virus et un transposon ; c'est-à-dire lorqu'un transposon prend son "indépendance".

Il faudrait faire une proposition générale (provisoire) sur la logique des maladies dites virales, bactériennes ou cancéreuses. Les deux premières touchant des organelles cellulaires, les secondes touchant la cellule entière ; il s'agirait donc de bien différencier les niveaux d'information qui sont ici en question. On pourrait ainsi proposer:

Ceci uniquement pour les maladies dites endogènes; car il n'est nullement exclu, bien évidemment, les contaminations externes. Toutefois, on se rend compte que ce qui est proposé ici permet de se passer d'un concept qui apparaît désormais aussi paradoxal que celui de code ; le concept de système immunitaire. Dans ce cas, la notion de contamination externe devra être réinterprétée non pas comme d'une faiblesse d'un système immunitaire mais comme une reconnaissance analogique entre deux phénomènes, dépendamment de leur niveau (protéique, nucléique, cellulaire, organique, etc.). Toutefois la contamination interne doit être considéré comme le processus originel de la transformation;

2) montrer que les "motifs génétiques réitératifs" ne sont nullement réitératifs;

3) les changements ontogénétiques du génome ne peuvent être appréhendés ni quantitativement, ni qualitativement, ni mécaniquement, mais l'axiomatique permet d'ouvrir la logique de telle sorte qu'on puisse faire des propositions théoriques et expérimentales à tous les niveaux de l'information organique;

4) proposer une recherche dans la détermination des niveaux d'information cellulaire et génétique (somatique/sexuel, gustatif, olfactif, thermique, mécanique, acoustique, optique et conceptuel). Par exemple:

Dans ce long travail de réinterprétation, l'embryogenèse comparée pourra servir d'outil principal.

Il me semble intéressant de considérer que les cellules d'un métazoaire ne sont pas intégrées mécaniquement dans des ensembles combinatoires mais constituent des éléments d'autres niveaux d'information: les organes, les niveaux d'information de l'organisme, etc.

D'une façon générale il s'agit d'émanciper définitivement la biologie moléculaire de tout le jargon implicite et explicite faisant référence à la vieille cybernétique et à la théorie de l'information de Shannon qui lui est associée; jargon dont les maîtres-concepts sont: - code, transcription, lecture, réplication, message (comme dans: message génétique primaire), information génétique (comme dans: épissage = condensation du message génétique; ou encore: le génome contient l'information génétique; etc.), traduction, séquence, addition, épissage (lié à l'analogie électrique de F. Jacob, puis les notions d'intron et d'exon), excision, ligation, programme, structure (primaire, secondaire, tertiaire, etc.), conversion, altération, recombinaison, origine (de la vie), régulation, activateur, inhibiteur.

Un des principes fondamentaux sur lequel il faut reposer notre logique est celui proposé déjà par Darwin dans Origins of species stipulant que la seule classification possible est la classification généalogique (cf. Darwin p. 404, 408-410, 427). C'est le point le plus important et qui aurait dû inspirer Cantor, Frege et Russell pour sa théorie des types, cela leur aurait éviter de tomber dans leur paradoxes.

Mais cette notion de généalogie n'est plus envisagée dans l'information générale comme une simple suite linéaire (ou colinéaire) et séquentielle mais comme le processus défini par l'axiomatique. En ce sens, généalogie, tout comme hérédité, fusionnent avec information.

Cela fait déjà un beau programme de recherche. Voyons!

  1. Revoir la notion de système immunitaire (notamment avec toute la phénoménologie militaire où l'organisme est considéré comme une "forteresse assiégée" (invasion, défense, etc.).

  2. Revoir la notion de contamination (cf. précédemment, indépendance des niveaux, etc.). Réinterpréter la notion d'épissage (splicing): (expression de la sélection/complexification/etc.)

  3. Réinterpréter les notions d'intron et d'exon.

  4. Reprendre en détail le problème du polymorphisme moléculaire et en montrer la logique (toutes les considérations actuelles sur le polymorphisme génétique reposent sur le réductionnisme moléculaire; l'organisme entier n'est pas considéré et ses relations avec les autres n'est pas considéré comme une des expressions du changement (apprentissage, interactions, etc.) Je pense que l'on pourrait rendre compte des transformations moléculaires (protides, nucléotides, etc.) qui pourraient apparaître lors de l'apprentissage d'un individu.

  5. Abandonner résolument l'idée selon laquelle "les erreurs de réplication sont les causes de l'apparent "bégaiement" du génome".

  6. Il faut mettre en évidence une phylogenèse et une ontogenèse des "séquences gènomiques".

  7. Le paradoxe du dogme de la mécanique génétique (un système clos auto-réplicatif doué pourtant d'"une tendance naturelle au changement")

  8. Les nucléosomes entourant les histones signifient que les nucléosomes sont issues et se nourrissent des histones.

  9. Le dogme actuel ne peut répondre à la question: qu'en est-il des "gènes" ribosomaux et mitochondriaux dans le métabolisme cellulaire?

  10. La notion d'ADN itérative est absurde dans cette perspective (la réinterpréter).

  11. Les transposons pourraient être un point de départ pour notre expérimentation sur la différenciation des neurones (apprentissage)

  12. Okazaki a montré que les deux brins du DNA ne se répliquent pas de la même façon (à réinterpréter)

  13. La séparation des deux "chaînes" est accélérée par des protéines (hélicases) (à réinterpréter, par exemple en montrant que l'ADN se nourrit de ces protéines)

  14. D'où viennent les nouveaux nucléotides?

 

Il nous faudra donc tester les hypothèses suivantes:

  1. Le relativement plus instable contient et est issu du relativement plus stable (si le DNA est issu des protéines, il faut s'attendre à ce que les protéines (ex : les histones) soient plus stables que les nucléosomes.

  2. Si l'on suppose que des protéines sont plus simples que des ARN, alors on devrait mettre en évidence non pas seulement des "rétroprotéines" (ce qui permet de fournir l'intelligibilité à l'agent dit "infectieux" uniquement protéinique de la maladie de Kreutzweld-Jacob), mais aussi que le groupe nommé histones, autour duquel s'enroule l'ADN, se trouve généalogiquement (informationnellement) en aval de l'ADN.

  3. Toutes les considérations sur le "polymorphisme génétique" repose sur le réductionnisme moléculaire. L'organisme n'est pas considéré comme "ensemble" et ses relations avec les autres organismes ne sont pas considérées comme une des sources de son propre changement (par exemple, l'apprentissage). Il n'y a actuellement aucune logique permettant de rendre intelligible les passages successifs et les différences entre gamétogénèse, épigenèse, périgenèse et sociogenèse (pour une définition de ces deux derniers concepts voir Pour une théorie de l'information générale, tractatus logico-ecologicus, pp. 130, 147, 346). C'est justement ce que propose la théorie de l'information générale.

 

Nous allons proposer des expérimentations permettant de répondre à la question: sous quelles conditions une séquence de DNA ou RNA, voire enzymatique, peut-elle s'émanciper (impliquant sa propre transformation) de l'organisme pour le détruire: ex: je propose l'hypothèse que le virus HIV est une transformation d'une séquence présente dans notre organisme. Il s'agit de déterminer:

1) quelle séquence et 2) sous quelles conditions elle se transforme en HIV. L'interprétation darwinienne classique proposée aujourd'hui (le virus serait latent mais non mortel et deviendrait mortel sous la pression de l'environnement (conformément au dogme néo-darwinien), ne permet pas de répondre à la question principale, que signifient "latent", "mortel" et "non-mortel" pour un virus ?

Avant que nous abordions le problème proprement expérimental, je voudrais revenir sur le concept d'hérédité. Selon notre point de vue il n'y a pas de niveau particulier qui puisse être qualifié spécifiquement d'héréditaire. Tous les niveaux d'information sont relativement héréditaires, y compris le niveau des cellules, des organes, etc., et bien sûr, mais à chaque niveau d'un autre type d'hérédité, les niveaux d'information socio/organique, sociale, sociologique, etc. La notion d'hérédité n'a plus dès lors aucun statut particulier et devient équivalent à information " (gI( " .

C'est pourquoi Darwin avait pu remarquer déjà que certaines maladies ne semblent héréditaires qu'à un certain âge (ou niveau) chez certaines familles: "(...) variations which (...) might have appeared earlier or later in life, tend to appear at a corresponding age in the offspring and parent." cf. p. 423. La notion de génome n'a désormais plus aucun sens.

Le fait de considérer que telle ou telle maladie comme héréditaire à tel ou tel âge par exemple ne nous autorise nullement à dire que cette maladie existerait quelque part avant qu'elle ne se manifeste sous une autre forme (génétique, par ex.). Cela reviendrait à dire que l'oreille, le cerveau, la jambe, etc. sont déjà présents quelque part dans le génome ou un niveau quelconque de l'épigenèse. Cela reviendrait à dire aussi - et certains n'ont pas hésité à le faire - que l'être humain existerait comme projet avant son apparition quelque part dans la galaxie, ou encore, de manière moins mystique mais tout aussi illogique, qu'il existerait comme projet dans la première séquence nucléique. C'est justement ce que les astrophysiciens (Brandon Carter et Stephen Hawking) ont appelé principe anthropique, que nous avons déjà rencontré, et qui a été énoncé comme suit: "The laws of nature should allow the existence of intelligent beings that can ask about the laws of nature". Cet absurde principe revient exactement à proposer l'autoréférence suivante: "Je suis en train de penser à une loi de laquelle il n'est pas irraisonnable de déduire qu'elle m'autorise à penser que je peux penser ce que je viens de penser."

L'information générale propose une nouvelle logique proposant une nouvelle intelligibilité de la différence entre les forme/mouvements (cette notion signifie que chaque niveau d'information intelligible exprime à la fois une certaine forme et un certain mouvement spécifiques relatifs; cf. Axiomatique) relativement simples originelles et les f/m analogues comprises dans les f/m relativement plus complexes (ex: une cellule eucaryote et une gamète de mammifère).

Le principe d'équivalence (ou groupe intelligible) proposé par " (gI( " permet d'affirmer que la différence entre une gamète de mammifère et une cellule eucaryote primitive ne situe nullement dans le fait que l'une contiendrait un programme mécanique plus complexe que l'autre mais dans le fait qu'elles appartiennent à deux niveaux très différents du champ d'information organique. Une gamète de mammifère semble mécaniquement analogue à une cellule eucaryote; mais du fait qu'elle se trouve au niveau mammifère de ce champ et non au niveau, disons protozoaire, de ce champ, elle s'informe très vite. De même qu'un morceau de métal placé dans un village antique s'informerait moins vite que le même morceau placé dans la société actuelle. Cette analogie mécanique ne rend pas compte bien sûr de l'information organique en tant que telle car il est bien évident qu'une cellule eucaryote importée de l'extérieur ne deviendra jamais une gamète. La gamète doit être créée par l'organisme lui-même. Le point le plus important à saisir ici est que ce n'est pas la chose qu'il faut considérer mais le champ.

Lorsque je dis par exemple qu'a chaque apprentissage, c'est tous les niveaux de l'organisme qui se transforment relativement selon leur situation relative dans le champ, cela signifie que c'est le champ qui se transforme en même temps que chaque niveau qui le constitue.

La raison principale que je vois pour laquelle nous privilégions les séquences peptidiques et nucléiques pour rendre compte de l'hérédité (ce qu'on appelle le génome), c'est notre idée de temps linéaire associé aujourd'hui au modèle mécanique d'une sorte de bande magnétique enregistrée (mais par qui?) Imaginez une bande magnétique qui s'enregistre toute seule à partir d'une non bande) qui se déroule (par exemple la bande d'ARN qui se déroule devant les ribosomes considérés comme les têtes de lecture du magnétophone).

Ce qui est fou dans cette analogie c'est qu'elle ne s'imagine même pas les conséquences logiques qu'elle entraîne. Car on sait ce que c'est qu'un magnétophone et on sait qu'il a été construit et inventé par des êtres humains, c'est-à-dire par des êtres plus complexes que lui, mais l'analogie exprimée là est folle car on sait très bien que le soi-disant magnétophone organique et sa bande magnétique se fait tout seul à partir de minéraux mais qu'en plus, dans le modèle proposé, c'est la bande enregistrée (et même préenregistrée) qui fabrique le magnétophone tout entier, cela est proprement insensé mais c'est quand même ce qu'on trouve dans tous les manuels de génétique et, par exemple, dans l'ouvrage de Hofstadter, Gödel, Escher, Bach, que beaucoup de généticiens affectionnent particulièrement). D'où l'idée paradoxale de code qui se code lui-même.

 

Darwin, qui était plus fin que nombre de ces épigones, en faisant remarquer comme problème curieux, que certains éléments de l'hérédité se manifestait à des âges analogues entre les générations (par exemple certains caractères, certaines maladies, etc.) oubliait qu'il en est de même pour tous les phénomènes dits "héréditaires", c'est-à-dire pour le développement des individus. Il n'y a pas que les séquences nucléiques qui sont héréditaires, ou plutôt relativement héréditaires, les cellules aussi, les organes, etc. et même les apprentissages sociaux qui sont socialement et sociologiquement relativement héréditaires (et non plus organiquement). La notion de champ ( I ( peut aider à saisir ce point. On voit donc à quel point maintenant la conception purement mécanique du " génome " séparé du phénome - stable, dont le seul but serait de se " reproduire " ou de se " dupliquer " identique à lui-même et qui ne se transforme que par accident ou par mutation fortuite - n'a plus aucun sens.

Dans la perspective de l'information générale, aucun niveau ne contient les "informations" d'un autre, car la notion d'information exprime justement les changements et les créations de niveaux.

Le soi-disant " génome " humain se trouve toujours dans un champ anthropo/social, constitué lui-même des niveaux sociologiques, sociaux et socio/organiques, et. En dehors de ce champ ( I (, il change de nature, c'est-à-dire d'information. Ce qui signifie que si vous mettez le même oeuf dans un champ ou dans un autre vous obtiendrez tout à fait autre chose. L'oeuf humain ne peut se développer que dans un niveau du champ humain.

Les expériences ou manipulations récentes de transplantation des cellules foetales dans le cerveau pour lutter contre la maladie de Parkinson montre bien que les cellules foetales ne contiennent pas en elles-mêmes de programme de développement de quoi que ce soit mais qu'elle sont transformées et transforment à leur tour le nouvel environnement dans lequel on les a introduite par contrainte. L'idée qui a été à l'origine de ces expériences était que si l'on met des cellules jeunes dans un environnement analogue de cellules âgées, cela devrait entraîner le rajeunissement des cellules âgées environnantes (mais aussi accélérer le vieillissement des cellules implantées). On ne sait pas encore ce qui se passe.

Il nous faut aussi dire que l'idée de séquençage du génome repose sur l'inaltérabilité du "génome" ou de ses mutations fortuites, d'une génération à l'autre. Nous considérons donc que le programme de " séquençage du génome humain " est une impasse.

Nous retrouvons l'expression de cette absurdité (je ne sais pas comment qualifier autrement cette position) dans les considérations suivantes tirées du dernier livre de S. Weinberg. Que signifie information dans l'expression : "the information for selecting each successive amino acid in a protein molecule is carried by the choices of three successives pairs of chemical units called bases, of which there are only four different kinds"? Et dans l'expression: "le code génétique contient l'information de l'organisme"? Que signifie interprétation dans la phrase suivante et quelle est la différence intelligible (logique) entre code, information et interprétation? "so the genetic code interprets three successive choices each out of four possible base pairs (like three cards chosen in order from a deck of cards that show only the four suits but no numbers or faces) to dictate each choice of one out of twenty possible amino acids to be added to the protein.".

Jacques Jaffelin

 

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